账上有存货，实际也有库存，这种情况注销税务登记证需要补交税款吗？

你问的很笼统,如果帐实相符,没有其他问题,只要出具证明这批存货存放何处,可以注销,但是专管员要定期巡访,如果出售,必须交税1

注销税务登记证需要去会计事务所做企业清算税务，会计事务所需要我提供，财务核算等东西这些。

以下回答来自于北京诚力财务代理

那是因为事务所是要给你出审计报告的，他们要依据你们公司的账务情况才能出审计报告，如果你们没有，还可以委托他们代你做一套可以通过审计的账目，但还要单交钱的，而且不是每个事务所都做这项业务，具体收费可能需要根据你们账务的难易程度收取适当的费用，因为他们的审计底稿也是有人抽查的，说以依据都必须齐备的。

工商执照注销了但是税务登记证没有注销有什么影响？

只要你不欠税就什么影响都没有。
按理说，工商执照最后注销，先注销税务、组织机构代码证书、海关登记等，最后才是工商注销。既然营业执照都已经注销了，税收失去了征收主体，税务登记证也就自动失效了。
但如果欠税，税务机关有追查的权利，且无时效期。